1.海鹽淨化
淨化大部份水晶最佳的方式，是把水晶埋在鹽三天，能吸收水晶內所有負能量，把水晶徹底潔淨。
（此方法不適合含金屬成份或金屬裝飾物的水晶礦石，例如青金石、蘇打石、、赤鐵礦、方解石等，可以改為使用小膠袋先裝着這些水晶，再放進鹽內）

2.煙燻法
可以透過神聖植物，如秘魯聖木、鼠尾草等的煙霧改變水晶的頻率，淨化水晶。

3.水晶洞/水晶簇
把水晶放在天然水晶簇上或水晶洞內，就可以達到淨化的效果，因為晶洞和晶簇的能量會自己形成一個循環，所以把水晶放在其上能驅除負面的能量，讓水晶回歸自己的頻率。